Ο Πρύτανης έχει τις ακόλουθες αρμοδιότητες και όσες άλλες προβλέπονται από τις διατάξεις του νόμου αυτού, του Οργανισμού και του Εσωτερικού Κανονισμού:
α) Προΐσταται του Ιδρύματος και το διευθύνει, έχει την ευθύνη για την εύρυθμη λειτουργία των υπηρεσιών του, επιβλέπει την τήρηση των νόμων, του Οργανισμού και του Εσωτερικού Κανονισμού και μεριμνά για τη συνεργασία των οργάνων του Ιδρύματος, των διδασκόντων και των φοιτητών.
β) Εκπροσωπεί το Ίδρυμα δικαστικώς και εξωδίκως.
γ) Συγκαλεί τη Σύγκλητο, καταρτίζει την ημερήσια διάταξη, ορίζει ως εισηγητή των θεμάτων μέλος της Συγκλήτου, προεδρεύει των εργασιών της και εισηγείται τα θέματα, για τα οποία δεν έχει ορίσει ως εισηγητή άλλο μέλος της Συγκλήτου. Μεριμνά για την εφαρμογή των αποφάσεών της.
δ) Μετέχει χωρίς ψήφο στις συνεδριάσεις του Συμβουλίου του Ιδρύματος. Μπορεί, επίσης, να μετέχει χωρίς ψήφο στις συνεδριάσεις όλων των λοιπών συλλογικών οργάνων του Ιδρύματος.
ε) Καταρτίζει σχέδιο Οργανισμού και Εσωτερικού Κανονισμού, τους οποίους εισηγείται προς έγκριση στο Συμβούλιο του Ιδρύματος, σύμφωνα με τα οριζόμενα στον παρόντα νόμο.
στ) Καταρτίζει και αναμορφώνει τον ετήσιο τακτικό οικονομικό προϋπολογισμό και τελικό οικονομικό απολογισμό του Ιδρύματος, καθώς και τους αντίστοιχους του προγράμματος δημοσίων επενδύσεων, τους οποίους υποβάλλει προς έγκριση στο Συμβούλιο.
ζ) Καταρτίζει και αναμορφώνει τον ετήσιο απολογισμό των δραστηριοτήτων και της εν γένει λειτουργίας του Ιδρύματος, τον οποίο υποβάλλει προς έγκριση στο Συμβούλιο.
η) Προκηρύσσει τις θέσεις καθηγητών.
θ) Εκδίδει τις πράξεις διορισμού του προσωπικού του Ιδρύματος και χορηγεί τις άδειες απουσίας του προσωπικού.
ι) Μπορεί να μεταβιβάζει το δικαίωμα υπογραφής εγγράφων στους προϊσταμένους των υπηρεσιών του Ιδρύματος.
ια) Μπορεί να ζητά από οποιοδήποτε όργανο, πλην του Συμβουλίου του Ιδρύματος, στοιχεία και έγγραφα για κάθε υπόθεση του ιδρύματος.
ιβ) Συγκαλεί οποιοδήποτε συλλογικό όργανο, πλην του Συμβουλίου του Ιδρύματος, όταν αυτό παραλείπει παρανόμως να λάβει αποφάσεις και προεδρεύει των εργασιών του χωρίς δικαίωμα ψήφου.
ιγ) Λαμβάνει συγκεκριμένα μέτρα για την αντιμετώπιση επειγόντων ζητημάτων, όταν τα αρμόδια όργανα διοίκησης του Ιδρύματος, πλην του Συμβουλίου, αδυνατούν να λειτουργήσουν και να λάβουν αποφάσεις.
ιδ) Είναι υπεύθυνος για τη λήψη μέτρων για την προστασία και ασφάλεια του προσωπικού και της περιουσίας του Ιδρύματος.
ιε) Τοποθετεί τους γενικούς διευθυντές του Ιδρύματος.
ιστ) Κατανέμει τις πιστώσεις στις εκπαιδευτικές, ερευνητικές και λοιπές δραστηριότητες του Ιδρύματος στο πλαίσιο της αντίστοιχης συμφωνίας προγραμματικού σχεδιασμού.
ιζ) Οργανώνει και καταργεί τα Προγράμματα Σπουδών με απόφασή του, η οποία εκδίδεται, ύστερα από γνώμη της Συγκλήτου και εγκρίνεται από το Συμβούλιο.