Στο Τμήμα Οικονομικών Επιστημών λειτουργεί Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης στην Οικονομική Ανάλυση και Διοικητική Οικονομική, με σκοπό την κατάρτιση οικονομολόγων μεταπτυχιακού επιπέδου που, μέσω της έρευνας και της εξειδίκευσης, θα συμβάλουν στην ανεξάρτητη και αυτόνομη προαγωγή της Οικονομικής Επιστήμης και θα παραμείνουν παραγωγικοί σε ένα περιβάλλον ταχείας οικονομικής ανάπτυξης. Αντικείμενο του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών είναι η εμβάθυνση στην Οικονομική Επιστήμη. Το Πρόγραμμα παρέχει μεταπτυχιακού επιπέδου εκπαίδευση σε κατευθύνσεις ειδίκευσης με σημαντικό επαγγελματικό ενδιαφέρον και απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης με κατευθύνσεις:
- Οικονομική Ανάλυση.
- Διοικητική Οικονομική.
Για το ακαδημαϊκό έτος 2015-2016 γίνεται μόνο η κατεύθυνση «Οικονομική Ανάλυση».
Το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων παρέχει διδακτορικό δίπλωμα στην Οικονομική Επιστήμη.